Das Rätische Museum sammelt Objekte, die aus dem Kanton Graubünden stammen, in Graubünden hergestellt oder genutzt, oder im Besitz einer im Kanton Graubünden wohnhaften Person oder Familie gewesen sind. Die Sammlung umfasst gegen 100'000 Objekte. Neben der historisch-volkskundlichen und der numismatischen Sammlung gehören auch kleinere Bereiche zum Gesamtbestand: Die ägyptische, die ethnographische und die Antiken-Abteilung stammen aus den Anfangszeiten des Museums und werden nicht mehr erweitert.
Der nicht ausgestellte Teil des Museumsgutes wird im Kulturgüterschutzraum in Haldenstein gelagert. Über zwei Stockwerke auf einer Nutzfläche von 2'180 m² werden Metallobjekte, Möbel, Bilder, Fahrzeuge etc. bei konstanter Temperatur und Luftfeuchtigkeit aufbewahrt. Textilien, Plastiken und historische Gemälde sind getrennt vom übrigen Sammelgut eingelagert. Diese Studiensammlungen stehen Wissenschafterinnen und Wissenschaftern jederzeit zur Verfügung.